Việc quy định về hồ sơ, thủ tục xác định người có lỗi trong các vụ tai nạn giao thông để được điều trị theo chế độ bảo hiểm y tế được thực hiện bởi Thông tư liên tịch số 39/2011/TTLT-BYT-BTC ngày 11/11/2011 của Bộ Y tế và Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục thanh toán chi phí khám, chữa bệnh đối với người tham gia bảo hiểm y tế bị tai nạn giao thông.
Thông tư liên tịch số 39/2011/TTLT-BYT-BTC do Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính ban hành. Quá trình xây dựng Thông tư liên tịch, Bộ Công an đã có Công văn số 293/BCA-C61 ngày 14/02/2011; Công văn số 969/BCA-C61 ngày 14/4/2011 và Công văn số 1744/BCA-C61 ngày 22/6/2011 góp ý đối với dự thảo Thông tư liên tịch để thống nhất trước khi ký ban hành, tuy nhiên những nội dung tham gia không được tiếp thu đưa vào Thông tư liên tịch này. Do vậy, khi áp dụng Thông tư liên tịch này gây khó khăn cho nhân dân và lực lượng Công an, cụ thể là: Tại Điểm a, Khoản 3, Điều 2 Thông tư liên tịch quy định “buộc Cơ quan Công an (Cảnh sát giao thông, Cơ quan Cảnh sát điều tra) cung cấp cho doanh nghiệp Bảo hiểm xã hội bản phô tô hoặc bản trích một phần kết luận điều tra nguyên nhân vụ tai nạn giao thông” là chưa thực hiện được vì liên bộ Bộ Y tế - Bộ Tài chính chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể nên Bộ Công an cũng chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể đối với toàn lực lượng Công an.
Bộ Công an đang kiến nghị liên Bộ Y tế - Bộ Tài chính có văn bản thống nhất với Bộ Công an trong việc thực hiện Thông tư liên tịch này, từ đó có cơ sở hướng dẫn Công an các địa phương thực hiện. Trong khi chờ liên Bộ hướng dẫn thực hiện, Bộ Công an đã chỉ đạo Công an các địa phương phải cung cấp những tài liệu liên quan các vụ tai nạn giao thông theo khả năng có thể như: Trường hợp sau 03 tháng, kể từ ngày cơ quan Bảo hiểm xã hội gửi văn bản đề nghị xác minh theo quy định nhưng vẫn chưa nhận được thông báo của cơ quan Công an hoặc nhận được thông báo chưa hoặc không xác minh được tình trạng vi phạm pháp luật về giao thông, thì cơ quan Bảo hiểm xã hội thực hiện thanh quyết toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh đã sử dụng như đối với trường hợp bị tai nạn không vi phạm pháp luật về giao thông. Riêng lĩnh vực giao thông đường thuỷ nội địa, Bộ Công an đang chỉ đạo các cơ quan chức năng xây dựng Thông tư quy định quy trình điều tra, giải quyết tai nạn giao thông đường thuỷ theo hướng đơn giản hoá các thủ tục hành chính và quá trình điều tra vụ tai nạn phải được tiến hành nhanh chóng, kịp thời.